Wojna i okupacja radziecka zastała go w Grodnie. Tutaj też został aresztowany, jednak udało mu się zbiec z więzienia.

Podczas przekraczania granicy rosyjsko-niemieckiej schwytany tym razem przez Niemców i więziony kolejno w Suwałkach, Działdowie i obozie koncentracyjnym w Sachsenhausen, gdzie został zamęczony 6 czerwca 1940 r. w wyrafinowany sposób.

Tuż przed śmiercią zdążył powiedzieć do swojego przyjaciela: "Ja już odchodzę do Niepokalanej, a ty pozostań i rób swoje".