Po aresztowaniu we wrześniu 1939 r. kolejno przebywał w różnych więzieniach.

Zmarł 1 stycznia 1943 r. w obozie w Dachau w następstwie eksperymentów pseudomedycznych, jakim był poddawany. Świadek jego cierpień i śmierci zapisał: "Ks. Marian był zjednoczony z Bogiem na modlitwie.

Codziennie przez pierwsze dni odmawialiśmy różaniec w różnych intencjach. Ale po kilku dniach nasilenia choroby i ten ustał. Modlitwa jego ograniczała się tylko do pobożnych westchnień, ofiarowania cierpień Bogu" (ks. Henryk Kaliszan).

Ostatnimi słowami wypowiedzianymi przed śmiercią do przyjaciela, który mu udzielił absolucji sakramentalnej, były: "Do zobaczenia w niebie".